Mit "The Binding of Issac" konnte das Entwicklerduo Edmund McMillen and Florian Himsl in der Vergangenheit erstmals auf sich aufmerksam machen. Nun wollten die Entwickler das Spiel neben Steam auch auf dem Nintendo 3DS veröffentlichen, jedoch sagt Big N 'Nein'.
Nach einer mehrstündigen internen Debatte stand schliesslich fest, "The Binding of Isaac" wird nicht für den Nintendo 3DS erscheinen. Zuvor war eigentlich geplant gewesen, das Spiel für den hauseigenen eShop von Nintendo zu veröffentlichen.
Jedoch schub dem das Unternehmen nun den Riegel vor und begründete dies damit, dass das Spiel einen sehr fragwürdigen Blick auf die Religion wirft und überhaupt mit blasphemischen Inhalten aufwarte. Dies war auch für die in Deutschland ansässige USK ein Grund, dem Spiel eine Altersfreigabe ab 16 Jahren zu geben. Auch hierzulande erschien das Spiel mit einer PEGI-Freigabe von 16 Jahren.