Das Ende von "Mass Effect 3" gehört zu den kontroversesten Enden der Spielegeschichte. Interessanterweise wäre es fast gar nicht zu genau diesem Ende gekommen. In einem Interview mit Dave Wilkinson, dem ehemaligen Animation Director von BioWare, hat dieser mitgeteilt, dass es ursprünglich zwar ähnliche, aber andere Enden gegeben hat. Warum sie überhaupt geändert wurden, wird nicht klar. Den äusserst schlecht ausfallenden Reaktionen der Mass Effect Community nach zu urteilen, war es jedoch die falsche Entscheidung.
Eigentlich hätte Kommander Shepard sich verkabelt und in einer virtuellen Verbindung mit der Königin der Reaper kommuniziert. Sie lässt ihn wissen, dass die Reaper sich wegen der Limitierungen ihrer künstlichen Intelligenz entwickeln müssen. Das Gespräch hätte wie in der letztendlich erschienenen Fassung auch auf drei Art und Weisen enden können:
Paragon: Shepard als König der Reaper gibt ihnen eine andere, eine bessere Bestimmung in der Galaxie.
Synthese: Shepard und die Königin der Reaper verschmelzen zu einer organisch-synthetischen Lebensform.
Renegade: Shepard arbeitet nicht mit den Reapern zusammen. Während er sich aus der Citadel herausreisst, kommt es zu einer Explosion und vernichtet die Erde und die Reaper. Das Leben im Universum geht ohne ihnen weiter.
