Erneut führt uns Game Director Chris Cad durch einen sogenannten "Group Combat Alert". Und diesmal nicht auf irgendeiner abgelegenen Insel, sondern in einer der wohl bekanntesten Städte des DC Universums: Smallville.
Hier arbeitet Lex Luther an einem Experiment, indem er Doomsdays Mutation analysiert und auf die Dorfbewohner überträgt. Je nachdem auf welcher Seite man steht muss man das Experiment stoppen oder unterstützen.